1、潜伏期：1-4周。
2.不如淋病急，症状拖延，时轻时重，但比淋病轻。大约50%患者有尿痛、尿道瘙痒等症状。在第一次诊断中很容易被遗漏。女性非淋菌性尿道炎症较轻，无尿痛或轻微尿痛，可出现少量分泌物。有时宫颈也有炎症或侵蚀，宫颈分泌物中有大多数分叶白细胞（超过10倍）。
3、尿道分泌物少、稀、粘液或粘膜脓性。长时间不排尿（如早晨）尿道口可溢出少量稀释分泌物。有时只表现为早晨痂膜密封尿道口或污染内衣。检查时，需要从后到前挤压尿道，才能有少量分泌物从尿道口溢出。有时患者有症状，没有分泌物，也没有症状和分泌物。
4.经常同时感染淋病。前者首先有淋病症状。抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，衣原体和支原体仍然存在。感染1-三周后。临床上很容易被误认为淋病没有治愈或复发。
5.治疗不当或治疗不及时可引起并发症(1)%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠、不孕等。
6.新生儿通过感染产道和生后3-13d可发生眼结膜炎，眼部有粘液脓性分泌物，也可无分泌物。但不侵犯角膜。出生后2-肺炎可发生3周。症状加重，呼吸急促，但不发热。其中一半的儿童患有眼结膜炎。
7.很少有患者伴有Reifer综合征：尿道炎、关节炎、角膜炎、结合膜炎和皮疹。